Pierwszy drewniany jeszcze kościół zbudowany został tu na miejscu zburzonej pogańskiej świątyni w 1124 roku, gdy do Szczecina z misją chrystianizacyjną przybył Otton z Bambergu. Ów drewniany kościół prawdopodobnie był najstarszą budowlą sakralną w Szczecinie, został jednak spalony podczas najazdu duńskiego w 1189. W latach 1223-1237 na jego miejscu zbudowano nową świątynię z cegły.
W 1268 do parafii św. Piotra i Pawła biskup kamieński Hermann von Gleichen włączył okoliczne wsie Grabowo, Golęcino i Niemierzyn.
W 1268 do parafii św. Piotra i Pawła biskup kamieński Hermann von Gleichen włączył okoliczne wsie Grabowo, Golęcino i Niemierzyn.